هر ماده آلی که بوسیله میکروبها قابل تجزیه باشد می تواند بعنوان کود آلی به کار رود. اما کودهای آلی مختلف از نظر کیفیت و دوام در خاک و قیمت بسیار متفاوتند.
توجه گردد که تامین مواد غذایی گیاه از طریق اضافه کردن مواد آلی به خاک گران تمام می شود. ارزش اصلی کودهای آلی به علت تغییرات فیزیکی است که در خاک ایجاد می کنند. کودهای آلی را می توان به سه گروه کودهای حیوانی، کود سبز و کمپوست تقسیم نمود.