شرکت پارس عمران شهسوار مجری سیستم های ابیاری تحت فشار در رفسنجان
از جمله اهداف اصلی آکواپونیک این است که مواد اضافی و دفعی یک سیستم به عنوان غذا یا کود برای سیستم دیگر عمل کند، به طوری که آب استخرهای پرورش ماهی که دارای تعداد و تراکم بیشتر ماهیان و در نتیجه از تغذیه بیشتری برخوردار بودند باعث رشد بیشتر و کاملاً محسوس گیاهان مورد پرورش در همان مخازن میشود.
تصفیه زیستی آب، عناصر موجود در آن را حذف می‌کند که این موضوع هم از لحاظ زیست‌محیطی و هم از لحاظ صرفه‌جویی اقتصادی مهم است. در این روش آب استخر پرورش ماهی پس از عبور از فیلترهای مکانیکی به بستر هیدروپونیک وارد شده و این بستر به عنوان بیوفیلتر محیط مناسبی برای رشد باکتری‌ها از جمله نیتروزوموناس و نیتروباکتر ایجاد می‌کند که به ترتیب کار تبدیل آمونیاک و نیتریت آب پرورش ماهی را به نیتریت و سپس نیترات انجام می‌دهند و آب تصفیه شده در سیستم دوباره وارد استخر پرورش ماهی میشود.
در آکواپونیک عناصر غذایی موجود در آب استخر پرورش ماهی به عنوان کود در سیستم هیدروپونیک و در بستر گیاهان مصرف میشود و این عمل برای ماهی نیز سود دارد چون تجمع مواد تولید شده ناشی از تجزیه بقایای گیاهان و میکروارگانیسم‌ها در بستر استخر و ترکیبات ازته و فسفر ناشی از تغذیه ماهیان در آب تجمع یافته و عامل محدود کننده شرایط زیست ماهیان میشود.
با استفاده پساب برای گیاهان می‌توان از پساب به عنوان کود استفاده کرد. به عبارت دیگر بستر کشت، مانند یک بیوفیلتر عمل می‌کند و کیفیت آب را برای زیست ماهیان مناسب می‌سازد، در این میان باکتری‌های موجود در بستر کشت نقش مهمی را در چرخه عناصر دارند که بدون وجود آن سیستم خوب عمل نمی‌کند.
آب یا پساب حاصل از پرورش ماهیان به عنوان یک منبع کودی آلی است. محصولات تولیدی در چنین سیستمی به عنوان محصول سالم و ارگانیک شناخته می‌شوند و در فروش و بازاریابی ماهیان و گیاهان تولید شده نقش مهمی دارد، ضمن این که از یک واحد تولیدی، دو نوع محصول تولید میشود و در مناطق خشک و نیمه‌خشک که با کمبود آب مواجه هستند آکواپونیک نقش مهمی داشته و مدلی برای کشاورزی پایدار است.